Mikrobiota jelitowa to zespół mikroorganizmów przewodu pokarmowego pełniący kluczowe funkcje dla rozwoju i równowagi organizmu, w tym m.in. sprawnej pracy układu immunologicznego, produkcji witamin i krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych (SCFA, ang. short-chain fatty acid), prawidłowego trawienia oraz indukcji tolerancji pokarmowej. Optymalna mikrobiota odgrywa ważną rolę w zapobieganiu chorobom i utrzymaniu dobrostanu organizmu, w tym – co ważne – kształtowaniu zdrowia małego dziecka.