Na wstępie warto wyjaśnić, czym jest wspomniana mikrobiota – wcześniej nazywana „mikroflorą jelitową”. Jest to zespół mikroorganizmów zasiedlających organizm człowieka, w tym głównie przewód pokarmowy. Do tego ekosystemu należą przede wszystkim bakterie, ale również wirusy oraz organizmy eukariotyczne (posiadające jądro komórkowe).